Гра зроблена в незвичайному, як для покемонів, жанрі — Tower Defense, або Захисні Вежі. Дикі покемони атакують лабораторію професора Оука. Вони рухаються до неї з довгою звивистою стежкою і якщо добираються до своєї мети, то знижують особливий запас енергії, відповідний цифр поруч з Грейт Боллом в ігровому меню. Щоб зупинити їх, гра дає вам приручених покемонів, яких треба розставляти уздовж доріжки. Кожен з них має свій стиль атаки і особливості. Наприклад, Пікачу діє тільки на наземних істот, вражаючи їх струмом. На установку і апгрейд покемонів по ходу гри витрачаються діаманти. Вони накопичуються знищенням ворогів. Поступово у вашій армії з'являються бійці нових типів.
.